Sim, você precisa interromper a matriz antes de remover os discos. Em geral, a ordem das operações é esta, onde a conclusão de cada etapa possibilita a próxima etapa:
- Pare qualquer programa usando sistemas de arquivos no array.
- Desmonte todos os sistemas de arquivos na matriz.
- Pare a matriz.
- Desligue os discos da matriz.
Se você estiver usando o LVM, há uma etapa 2.5 onde você desativa os mapeamentos de volume do LVM, mas não sei a maneira correta de fazer isso.