Tenho certeza de que há respostas mais elegantes, mas isso deve funcionar:
free -m | awk '{if (NR == 1) {print $2} else {print $3}}' > file.out
Este comando pega a saída padrão de free -m e envia para awk . Para a primeira linha, imprime a segunda coluna (aqui, o título da coluna de interesse), caso contrário, imprime a terceira coluna (as linhas subsequentes em free -m têm uma coluna extra).