para todos os outros com o mesmo problema:
a linha "scripts" no meu arquivo setup.py era o cara mau. remover essa linha e configurar o arquivo de instalação na pasta debian é o jeito certo de instalar seu aplicativo onde você quiser.
setup(name="myapp",
version="0.80.04",
description='My Appicantion.',
author='ajava',
author_email='[email protected]',
url='http://http://www.ajava.de')