Você pode estar interessado em habilmente - é uma ferramenta para aliviar os problemas do gerenciamento do repositório debian. Sua funcionalidade repo import importa pacotes e suas dependências e sons exatamente como a ferramenta que você está procurando.
Tanto quanto eu entendi documentação (não tem um caso de uso para aptly ainda infelizmente), é possível que você tem que espelhar o repositório que você deseja criar um subconjunto embora.