Como a segunda imagem é uma máscara, ela precisa ser aplicada como uma máscara - isso pode ser feito assim:
convert ./p1-001-000.ppm ./p1-001-001.pbm -alpha Off -compose CopyOpacity -composite output.pdf
Isso resulta em um PDF que tem a borda preta inferior removida / ocultada por a máscara, mas é muito maior no tamanho do arquivo (485,3 KB versus 96 KB) e tem uma página PDF maior.:
Tenha em mente que os PDFs são mais do que apenas imagens sobrepostas em cima de cada um - eles têm texto, formatação, etc. Portanto, apenas extraindo as imagens do arquivo pdf, as informações são perdidas. Se você adivinhar o arquivo PDF original no LibreOffice Draw, as bordas da imagem estão sobre a borda da página do PDF, então não são mostradas (acho que as imagens em cada uma delas também são dimensionadas para tamanhos diferentes ... - imagem extraída como PNG do LibreOffice Draw aqui para comparação)