Acontece que tudo o que tínhamos que fazer era combinar os dois últimos passos que eu havia feito na pergunta.
Copie o arquivo de e-mail (por exemplo, 141443305.abc123abc.imap01.xyz.com:2,S) de /home/<user>/Maildir/cur
para /home/<user>/Maildir/new
e renomeie-o removendo o sufixo :2,S
. Este processo marca o correio lido como não lido.