Eu sei que essa pergunta é muito antiga, mas tenho uma solução que pode funcionar para outras pessoas.
Primeiramente, pegue o PCIID usando:
lspci -nnk | grep 0280 -A3
Então faça:
echo '1' | sudo tee /sys/bus/pci/devices/0000:06:00.0/remove > /dev/null
substituindo o PCIID apropriadamente Espere alguns segundos e faça:
echo '3' | sudo tee /sys/bus/pci/rescan > /dev/null
Ou, para criar um script, basta ter o seguinte:
lspci -nnk | grep 0280 -A3 | awk -F' ' '{print $1;}' | head -n1 | read PCI
echo '1' | sudo tee /sys/bus/pci/devices/0000:$PCI/remove > /dev/null
sleep 2
echo '3' | sudo tee /sys/bus/pci/rescan > /dev/null