Como mencionado no meu comentário, o docker funcionaria muito bem para isso. A desvantagem é que ele consome muito espaço em disco. Além do espaço em disco, não há outra sobrecarga, nem mesmo CPU ou memória.
Resumindo, o docker basicamente configura um chroot dentro de uma imagem completa do sistema operacional. Então você acaba executando outra distro dentro da sua. O Docker é simplesmente responsável por configurar o ambiente no qual o aplicativo é executado e, em seguida, iniciar o aplicativo. Uma vez que o aplicativo é iniciado, é apenas outro processo no seu sistema. Aparece em ps , pode ser kill ed, etc.
Como você está executando a distro completa, a única incompatibilidade possível é se o que você está tentando executar depende dos recursos do kernel que seu kernel não possui. Isso não é muito provável.
Depois de obter a janela de encaixe no seu sistema, você pode criar uma imagem contendo o software. Você faria isso criando um "dockerfile" que se parece com:
FROM ubuntu:12.04
RUN apt-get install -y wget
RUN wget http://telephonyco.com/proprietary_code.deb
RUN dpkg -i proprietary_code.deb
Depois de construir isso, você pode executar o programa diretamente com:
docker run -ti name_of_image_you_created proprietary-program-foo
Ou você pode obter um shell dentro da imagem:
docker run -ti name_of_image_you_created bash