Eu uso o basename $ a para extrair o nome do arquivo e, em seguida, construo o caminho com o diretório temporal:
#!/bin/bash
br=64
mkdir -p _tmp
for a in "$1"*.mp3 ; do
aux=$(basename ${a})
ffmpeg -i "$a" -ar 44100 -ab $br "$br""_tmp/${aux%.*}_["$br"].mp3"
done