Há relatos de falsos positivos nos quais o chkrootkit acha que encontrou o Suckit em um sistema limpo. O relatório de bugs do Fedora indica que o chkrootkit ainda está quebrado no Fedora 20.
Não ter entrada para um servidor X é normal se ninguém estiver logado (se estiver mostrando o prompt de login da GUI).
Portanto, esses resultados não indicam que seu sistema está infectado. Isso não significa que seu sistema está limpo, é claro: um rootkit bem projetado é, por definição, indetectável.