O FreeBSD é inteligente o suficiente para não incomodar você sobre as opções de portas: se elas não foram alteradas no nível da porta (Makefile), ele não pedirá duas vezes por elas.
Eu não uso pacotes binários, mas acho que, no seu caso, as opções do seu pacote binário instalado anteriormente foram mantidas, então a etapa make config
foi ignorada.
De qualquer forma, para forçar o FreeBSD a exibir a tela de diálogo para escolher suas opções de construção, execute make config
antes de make install
.
Da mesma forma: para restaurar as opções padrão, existe make rmconfig
.