A melhor abordagem é colocar seus arquivos de ponto sob controle de versão . Para disponibilizá-los em uma nova máquina, basta verificá-los. Se você não se importa com privacidade, pode colocar seus arquivos em um site como o Github . Se você fizer isso, você pode fazer o check-out através do SSH. Em uma máquina virtual, se disponível, você pode fazer o check-out a partir de um sistema de arquivos do host montado.
O controle de versão oferece benefícios que vão além da fácil sincronização. Em particular, ele oferece um histórico de versões, de modo que, se você quebrar alguma coisa, pode voltar a quando ela quebrou, o que ajuda muito a descobrir por que ela quebrou. Você também pode reconciliar as alterações se modificar o mesmo arquivo em diferentes máquinas.
Se você realmente não quiser usar o controle de versão, basta copiar os arquivos com uma ferramenta como rsync (ou Unison para sincronização bidirecional). Você também pode enviar seus arquivos para um serviço online e baixá-los. Além do Unison, até certo ponto, esses métodos não irão ajudá-lo se você modificar o mesmo arquivo em duas máquinas diferentes.
Uma coisa que você terá que fazer, independentemente da solução escolhida, é decidir quais arquivos serão replicados. Infelizmente, muitos aplicativos não fazem uma distinção clara entre os arquivos de configuração do usuário (que precisam ser sincronizados) e o estado local (que não podem ser sincronizados de forma significativa).