O valor de GRUB_DISABLE_LINUX_UUID é usado por update-grub e os scripts no diretório /etc/grub.d/ . Se você ainda tiver UUIDs no seu grub.conf , parece que um dos scripts não está verificando a configuração GRUB_DISABLE_LINUX_UUID .
A melhor coisa a fazer é tentar descobrir qual é o tipo de sistema de arquivos e verificar isso em relação aos nomes dos scripts em /etc/grub.d para ver se há um padrão.
Por que os UUIDs não estão funcionando, não tenho uma resposta definitiva, suspeito que isso dependa do tipo de sistema de arquivos, mas isso é um palpite.
Você não precisa de UUIDs em seu fstab mesmo quando o grub os usa, mas é claro que é possível ver se você está usando os UUIDs certos (mas eu prefiro procurar em /dev/disk/by-uuid para isso ).