apt
são chamadas sempre que uma atualização do sistema é feita (por exemplo, com o Update Manager do Ubuntu).
Todos os pacotes baixados dessa maneira são mantidos até que você purga explicitamente o, como faz ao chamar apt-get clean
.
Se o espaço em disco for limitado, e seu gerenciador de atualizações for executado automaticamente todos os dias, por exemplo, às 8:00, você poderá configurar um cron job para ser executado às 8:30 para fazer a limpeza. A única penalidade é que, se você excluir um pacote e, em seguida, desejar reinstalá-lo, ele deverá ser baixado mais uma vez.