Essa abordagem não funcionará. No entanto, se você deixar o primeiro disco conectado e interromper a transferência (ou apenas esperar que ele termine quando o disco estiver cheio), conecte uma outra unidade e monte-a (sem remover ou desmontar a primeira), você pode usar --compare-dest opção para rsync para evitar copiar qualquer coisa para o novo disco que não foi copiado para o primeiro. Por exemplo, o segundo comando poderia ser algo como:
rsync -aW --compare-dest=/path/to/original/mount /path/to/source /path/to/new/mount
O fragmento da página man para --compare-dest :
This option instructs rsync to use DIR on the destination machine as an additional hierarchy to compare destination files against doing transfers (if the files are missing in the destination directory). If a file is found in DIR that is identical to the sender’s file, the file will NOT be transferred to the destination directory. This is useful for creating a sparse backup of just files that have changed from an earlier backup. This option is typically used to copy into an empty (or newly created) directory.
If DIR is a relative path, it is relative to the destination directory. See also --copy-dest and --link-dest.