Uma vez que descobri que o primeiro kernel (que não é o padrão na minha configuração) tem os módulos bcache carregados, eu mudei para ele e como root emitido
# update-initramfs -u -k all
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-3.12.11-031211-generic
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-3.11.0-12-generic
assim como eu deveria ter feito desde o começo.
Depois disso, todos os módulos do kernel foram atualizados e o problema foi resolvido.