A questão debconf partman-partitioning/default_label deve definir o tipo de tabela de partição.
Você também precisa definir a questão booleana partman-partitioning/confirm_write_new_label to true ou o partman não irá sobrescrever uma tabela de partição existente.
Então você deve colocar o arquivo pressionado:
d-i partman-partitioning/default_label select msdos
d-i partman-partitioning/confirm_write_new_label boolean true