No meu caso, tive o mesmo problema porque um cron job estava rodando a cada minuto, mas não estava terminando. Isso criou centenas de processos, cada um rodando em um shell, exaurindo o sistema.
Portanto, verifique com ps ax
se você vê muitos processos duplicados, talvez verifique seus trabalhos no cron ou qualquer outra coisa que possa estar gerando um monte de shells extras.