Quanta memória RAM tem o seu servidor? Em um banco de dados principalmente InnoDB, o 500M é muito alto para um tamanho de buffer de chave. Eu geralmente começo com 32M. Você não pode executar o MySQL com ele definido como 0.
Se o innodb_buffer_size + o key_buffer_size = > RAM, então você terá problemas.
Além disso, eu geralmente preciso dessa configuração em uma rede segura: bind-address = 0.0.0.0
Um bom ponto de partida para my.cnf está aqui: link