Você precisa usar o mkisofs para fazer o ISO
mkisofs -o youriso.iso -b isolinux/isolinux.bin -c isolinux/boot.cat -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -J -R -V youriso-live ~/isodistro/iso
-o
é o arquivo de saída
-b
é a imagem de inicialização que ele inicializa
-c
é o catálogo de inicialização
e ~/isodistro/iso
é o caminho dos arquivos
Você pode encontrar os detalhes dos switches aqui - link