Geralmente, é o caso de sistemas de arquivos baseados em FUSE suportarem apenas um subconjunto dos recursos suportados pelos sistemas de arquivos subjacentes. Geralmente, é algum aspecto de um ou mais desses recursos que está limitando a entrada do incrontab de detectar a alteração no lado remoto.
De qualquer forma, achei melhor perguntar sobre isso no projeto s3fs, e por isso postei essa pergunta pedindo aos desenvolvedores que orientassem sobre possíveis limitações.
Você pode acompanhar esse problema / pergunta aqui: Problema 385: incrontab & suporte s3fs?