O servidor X no seu sistema não suporta gráficos GLX. Você pode confirmar isso usando o seguinte comando:
$ glxinfo | head -15
name of display: :0
display: :0 screen: 0
direct rendering: Yes
server glx vendor string: SGI
server glx version string: 1.4
server glx extensions:
GLX_ARB_create_context, GLX_ARB_create_context_profile,
GLX_ARB_multisample, GLX_EXT_create_context_es2_profile,
GLX_EXT_import_context, GLX_EXT_texture_from_pixmap, GLX_EXT_visual_info,
GLX_EXT_visual_rating, GLX_INTEL_swap_event, GLX_MESA_copy_sub_buffer,
GLX_OML_swap_method, GLX_SGIS_multisample, GLX_SGIX_fbconfig,
GLX_SGIX_pbuffer, GLX_SGIX_visual_select_group, GLX_SGI_swap_control
client glx vendor string: Mesa Project and SGI
client glx version string: 1.4
client glx extensions:
[saml@greeneggs Downloads]$ glxinfo | head -20
name of display: :0
display: :0 screen: 0
direct rendering: Yes
server glx vendor string: SGI
server glx version string: 1.4
server glx extensions:
GLX_ARB_create_context, GLX_ARB_create_context_profile,
GLX_ARB_multisample, GLX_EXT_create_context_es2_profile,
GLX_EXT_import_context, GLX_EXT_texture_from_pixmap, GLX_EXT_visual_info,
GLX_EXT_visual_rating, GLX_INTEL_swap_event, GLX_MESA_copy_sub_buffer,
GLX_OML_swap_method, GLX_SGIS_multisample, GLX_SGIX_fbconfig,
GLX_SGIX_pbuffer, GLX_SGIX_visual_select_group, GLX_SGI_swap_control
client glx vendor string: Mesa Project and SGI
client glx version string: 1.4
client glx extensions:
GLX_ARB_create_context, GLX_ARB_create_context_profile,
GLX_ARB_create_context_robustness, GLX_ARB_fbconfig_float,
GLX_ARB_framebuffer_sRGB, GLX_ARB_get_proc_address, GLX_ARB_multisample,
GLX_EXT_create_context_es2_profile, GLX_EXT_fbconfig_packed_float,
GLX_EXT_framebuffer_sRGB, GLX_EXT_import_context,
...
Eu confirmo que você tem os drivers OpenGL e MESA necessários instalados, já que esse aplicativo procura exigir acesso a essas bibliotecas, analisando o site da VMD parece ter necessidades um pouco exigentes do seu hardware. Quando digo "seu hardware", estou falando do seu sistema local, e não do que está executando o aplicativo, já que o sistema é responsável por exibir sua exibição local.
CUDA?
Ao olhar pelo site do VMD, encontrei esta página, intitulada: Notas de aceleração do VMD CUDA que soa como pode estar relacionado a suas mensagens de aviso específicas, se você está curioso para se livrar deles. Também há uma mensagem nessa página que diz: "VMD requer GPUs NVIDIA que suportam CUDA". Uma lista de cartões NVIDIA compatíveis com o CUDA também está disponível.
BadAlloc
Essas mensagens parecem implicar que sua placa de vídeo local não possui recursos suficientes (GPU RAM) que eu suponho.
XRequest.154: BadAlloc (insufficient resources for operation) 0x17
XRequest.154: GLXBadContext 0x3800001
Segmentation fault
Você pode conseguir contornar isso reduzindo o tamanho da sua tela da área de trabalho, potencialmente também. Você deve conseguir fazer isso através do centro de controle da sua distribuição, normalmente sob o applet "Displays". É onde estaria com um tipo de área de trabalho do GNOME 3.
Que gráficos eu tenho?
Você pode usar os seguintes comandos para descobrir essas informações.
Método # 1 - lspci
$ lspci -vvv -t | grep Graph
+-02.0 Intel Corporation Core Processor Integrated Graphics Controller
Agora sabemos o ID do dispositivo (02.0) para que possamos usar isso para obter informações adicionais.
$ lspci -vvv -s 02.0
00:02.0 VGA compatible controller: Intel Corporation Core Processor Integrated Graphics Controller (rev 02) (prog-if 00 [VGA controller])
Subsystem: Lenovo Device 215a
Control: I/O+ Mem+ BusMaster+ SpecCycle- MemWINV- VGASnoop- ParErr- Stepping- SERR- FastB2B- DisINTx+
Status: Cap+ 66MHz- UDF- FastB2B+ ParErr- DEVSEL=fast >TAbort- <TAbort- <MAbort- >SERR- <PERR- INTx-
Latency: 0
Interrupt: pin A routed to IRQ 41
Region 0: Memory at f2000000 (64-bit, non-prefetchable) [size=4M]
Region 2: Memory at d0000000 (64-bit, prefetchable) [size=256M]
Region 4: I/O ports at 1800 [size=8]
Expansion ROM at <unassigned> [disabled]
Capabilities: <access denied>
Kernel driver in use: i915
ff:02.0 Host bridge: Intel Corporation Core Processor QPI Link 0 (rev 02)
Subsystem: Lenovo Device 2196
Control: I/O- Mem+ BusMaster+ SpecCycle- MemWINV- VGASnoop- ParErr- Stepping- SERR- FastB2B- DisINTx-
Status: Cap- 66MHz- UDF- FastB2B- ParErr- DEVSEL=fast >TAbort- <TAbort- <MAbort- >SERR- <PERR- INTx-
Latency: 0
Método # 2 - hwinfo
$ hwinfo --gfxcard
08: PCI 02.0: 0300 VGA compatible controller (VGA)
[Created at pci.319]
Unique ID: _Znp.nUjOwTmEfZC
SysFS ID: /devices/pci0000:00/0000:00:02.0
SysFS BusID: 0000:00:02.0
Hardware Class: graphics card
Model: "Intel Arrandale Integrated Graphics Controller"
Vendor: pci 0x8086 "Intel Corporation"
Device: pci 0x0046 "Arrandale Integrated Graphics Controller"
SubVendor: pci 0x17aa "Lenovo"
SubDevice: pci 0x215a
Revision: 0x02
Driver: "i915"
Driver Modules: "drm"
Memory Range: 0xf2000000-0xf23fffff (rw,non-prefetchable)
Memory Range: 0xd0000000-0xdfffffff (ro,non-prefetchable)
I/O Ports: 0x1800-0x1807 (rw)
IRQ: 41 (23612176 events)
I/O Ports: 0x3c0-0x3df (rw)
Module Alias: "pci:v00008086d00000046sv000017AAsd0000215Abc03sc00i00"
Driver Info #0:
Driver Status: i915 is active
Driver Activation Cmd: "modprobe i915"
Config Status: cfg=new, avail=yes, need=no, active=unknown
Primary display adapter: #8
Método # 3 - lshw
$ sudo lshw -c display -sanitize
*-display
description: VGA compatible controller
product: Core Processor Integrated Graphics Controller
vendor: Intel Corporation
physical id: 2
bus info: pci@0000:00:02.0
version: 02
width: 64 bits
clock: 33MHz
capabilities: msi pm vga_controller bus_master cap_list rom
configuration: driver=i915 latency=0
resources: irq:41 memory:f2000000-f23fffff memory:d0000000-dfffffff ioport:1800(size=8)