Modificar o arquivo é fácil, basta percorrer o arquivo username:pass
:
k=1000; while IFS=: read user pass; do
echo "$user:$pass:$k:1000:/home/$user:/bin/bash"; let k++;
done < users.txt > newusers.txt
Isso criará um arquivo chamado newusers.txt
com o seguinte conteúdo:
user1:password1:1000:1000:/home/user1:/bin/bash
user2:password2:1001:1000:/home/user2:/bin/bash
user3:password3:1002:1000:/home/user3:/bin/bash