Você pode usar a opção d da ferramenta 7z .
Relacione o conteúdo
7z l <archive> # e.g.
7z l archive.7z
Excluir um arquivo
7z d <archive> <file> # e.g.
7z d archive.7z 'hello world.pdf'
Como você usa arquivos criptografados, a ferramenta solicitará uma senha.
file-roller 3.8.4 parece ter um bug que reivindica uma senha incorreta ao tentar excluir arquivos de arquivos criptografados.