Eu sugiro esta linha como o provável culpado,
AuthorizedKeysCommand /usr/local/scripts/ssh_ldap_auth.sh
É incomum (mas obviamente suportado). A página man sugere que é usada para 'coletar as chaves' antes de verificar o arquivo authorizedkeys, e pode estar interagindo com a cópia local ou forçando autorizações de senha.
Considerando que você encontrou esse presente nesse script,
rm -f /home/$SYSUSER/.ssh/authorized_keys
Acho que podemos ter certeza de que essa é a origem do problema.