O problema é devido à configuração do letterSpace no arquivo .Xresources, que define o letterSpace como -1 (ou inferior) como:
! /home/username/.Xresources
URxvt*letterSpace: -1
Muitos usuários e postagens no blog sugerirão alterar a opção letterSpace para -1 para ajustar o kerning, mas parece haver um efeito colateral nessa situação em que o urxvt não pode renderizar o glifo.