Uma solução rápida seria simplesmente remover todo o /usr/local
caso você não tenha instalado mais nada lá (de acordo com o pequeno desvio nos comentários, acho que é o caso). Então sudo mv /usr/local /usr/_local
vai se livrar de qualquer coisa que esteja lá (você pode deletar o diretório mais tarde, quando tiver certeza de que não contém nada importante).
Então, em vez de seguir o caminho da construção do gdb a partir do zero, use homebrew para instalar o gdb. Se isso não funcionar como esperado, apenas mv /usr/local /usr/__local
(ou algo semelhante, acho que você pode ver o padrão a surgir aqui) e tente construir uma versão mais antiga a partir do código-fonte. Eu ainda recomendo que você pelo menos tente a versão engarrafada homebrew, porque o gdb 6 já está bastante envelhecido.