Bem, de acordo com o wiki do WebGL, o Firefox e o Chrome suportam o WebGL com as GPUs da Nvidia no X11 / Linux.
No meu caso, o driver gráfico errado foi selecionado.
~ # eselect opengl list
Available OpenGL implementations:
[1] nvidia
[2] xorg-x11 *
Configurar de volta para a nvidia corrigiu meus problemas com o WebGL.
~ # eselect opengl set nvidia
Switching to nvidia OpenGL interface... done