O sistema armazena os arquivos .desktop em /usr/share/applications/
. Infelizmente, se você abrir essa pasta no nautilus, os arquivos .desktop aparecerão com o ícone especificado no arquivo e com o nome do arquivo chamado dentro do arquivo. Você também não poderá editar esses arquivos clicando neles e selecionando editar.
Para editar esses arquivos, você precisa abrir essa pasta dentro de uma janela de terminal. Fazer um comando ls
mostrará todos os arquivos .desktop com seus nomes reais. Quando você localizar o .desktop que deseja alterar, execute gksudo gedit {file-name}.desktop
.
É prática normal manter todos os arquivos .desktop criados ou editados em sua pasta pessoal ~/.local/share/applications
.