A maneira mais fácil, assumindo que todos os arquivos relevantes estão no mesmo diretório, é:
for f in *; do ebook-meta "$f" --tags rhubarb
Se os arquivos puderem estar em vários subdiretórios, use find (isso pressupõe que os únicos arquivos em todos os subdiretórios sejam ebooks. Como isso provavelmente não é verdade, você deve usar algo adicional como -name "*.ebook" ou qualquer extensão seus ebooks têm):
find . -type f -exec ebook-meta '{}' --tags rhubarb \;