A linha
"\M-[3~": delete-char
está incorreto porque diz ao bash para procurar o caractere meta para [
, que (de acordo com bash) pode ser o caractere de escape seguido por [
, ou pode ser o caractere formado por OR'ing [
com 0x80, ou seja, 0xdb que é Û
A chave real usaria apenas o caractere de escape, então você deve usar esta configuração:
"\e[3~": delete-char