O wubi é bastante bom, especialmente para iniciantes com tarefas simples ou como uma maneira de testar o Ubuntu como o CD ao vivo, mas não fornece a experiência completa.
existe a opção de instalar o Ubuntu junto com o Windows no instalador do Ubuntu, que faz o trabalho automaticamente. ele cria uma partição estendida na qual ele coloca root e swap, mas nenhuma partição home. a vantagem é que é automática, então você não precisa particionar manualmente caso tenha medo dela. Outra desvantagem é que ele usa apenas a unidade C do Windows, então você terá que editar o fstab se quiser que o ubuntu monte o drive do Windows D automaticamente na inicialização.
Outra opção é usar os utilitários de gerenciamento de disco do Windows, eu não tenho certeza do que eles são chamados, deixe espaço para o Ubuntu, e continue a partir daí. Dessa forma, você pode criar uma partição root e home, que pode ser útil caso você precise reinstalar o Ubuntu e manter seus dados atualizados. Outra vantagem é que você pode especificar quanto do disco rígido você vai alocar para o Ubuntu.
aqui é um tutorial simples sobre como fazer isso