Se eu tivesse que arriscar um palpite, suspeitaria dos arquivos e se eles têm caracteres não imprimíveis em seus nomes. Você pode exibir esses caracteres especiais através do uso das seguintes opções para ls
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trecho de Removendo caracteres que não são impressos dos nomes dos arquivos
Locating "non-printing" characters in file names
The ls command has all the options you need to detect "hidden" characters:
Command Function Sample Output
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ls hides/interprets nongraphic characters zzz
ls -b prints octal codes for nongraphic characters zzz000aaa
ls -q prints question marks for nongraphic characters zzz???aaa
Veja a página acima mencionada para mais informações sobre esses tipos de caracteres e removíveis.