Eu corri para este problema depois de atualizar de 15.04 para 15.10 via gerenciador de atualização.
Eu não tinha o ritmo de execução. Eu removi e reinstalei, assim como todos os pacotes dependentes, através do centro de software; aqueles não fizeram nada.
Percorrendo o monitor do sistema, notei que o Nemo estava em execução. Eu matei e o problema de atualização da área de trabalho parou imediatamente. Fiquei, no entanto, com um fundo de área de trabalho preto que não exibia meu papel de parede. As instruções em esta resposta funcionaram para mim:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.background active true
Não sei qual é a causa subjacente desses problemas, mas espero que essa resposta, pelo menos, ajude as pessoas a contornar isso.