seu */.*
incluirá apenas arquivos ocultos em subdiretórios. mas não em seu diretório atual ou subdiretórios de subdiretórios. tente este zip -r extension.xpi . -x ".*"
ou esse zip -r extension.xpi . -x .\*
.
Eu acho que a barra invertida deve ser a chave, isso é uma citação da manpage:
Explicitly exclude the specified files, as in:
zip -r foo foo -x \*.o
which will include the contents of foo in foo.zip while excluding all the files that end in .o. The backslash avoids the shell filename substitution, so that the name matching is performed by zip at all directory levels.