Escreva um script de shell simples - você basicamente já tem tudo pronto, basta juntá-lo "sob o mesmo teto" (em um arquivo de script).
#!/bin/bash
# loop over all arguments to the script - place each single
# one into variable f (further referenced to by $f) and execute
# the commands in the loop
for f in "$@"; do
# create new variable holding filename without the extension
n=${m%.mp4}
# commands you mentioned above go here, you only need to
# replace the strings that correspond to actual filename
# with "$f" or "$n". Use the quotes around in case your
# filenames contained spaces. e.g.:
ffmpeg -y -i "$f" -pix_fmt yuv420p -an -pass 1 -passlogfile "$n".x600.1351896878.log -an -vcodec libx264 -b:v 600k -preset medium -tune film -threads 0 "$n".x600.1351896878.mp4
ffmpeg -y -i "$f" -pix_fmt yuv420p -an -pass 2 -passlogfile "$n".x600.1351896878.log -an -vcodec libx264 -b:v 600k -preset medium -tune film -threads 0 "$n".x600.1351896878.video.mp4
# more commands...
done
Em seguida, execute o script com nomes de arquivos para convertê-los como argumentos:
script.sh file1.mp4 /another/directory/file2/mp4 ...
Você precisará torná-lo executável: chmod a+x script.sh
ou executá-lo através do interpretador de shell explicitamente: bash script.sh ...