Inicie o gerenciador de janelas depois de iniciar o servidor x11.
Por exemplo, meu lote para iniciar xvnc:
export DISPLAY=localhost:1.0
/usr/bin/Xvnc :1 -ac -auth "/root/.Xauthority" -geometry "1200x700" -depth 8 -rfbwait 120000 -rfbauth /root/.vnc/passwd 2> /root/.vnc/ServerDaemon.log &
/bin/sleep 10
/usr/bin/fvwm 2> /root/.vnc/fvwm.log &
Eu redireciono os erros nos arquivos de log e uso o comando sleep, para que o Xvnc tenha certamente se inicializado, antes de iniciar o gerenciador de janelas fvwm. Mas não deve haver problema para iniciar qualquer outro gerenciador de janelas.
Para parar automaticamente o servidor x11, não sei.