Eu não sei se existe alguma opção de linha de comando ou configuração específica para o Akregator, mas eu uso um programa chamado alltray
para iniciar os aplicativos minimizados na minha bandeja XFCE.
por exemplo. Eu inicio o iceowl (versão independente do debian do mozilla calendar) no login com um script wrapper que executa exec /usr/bin/alltray --sticky /usr/bin/iceowl
De acordo com a página man, o alltray trabalha com o Gnome, o KDE, o XFCE 4, o Fluxbox e o WindowMaker.
Alltray provavelmente já está empacotado para sua distro ou pode ser encontrado no link