Eu faria isso em duas etapas.
Crie um arquivo chamado all_apple_a.dat
listando todos os arquivos com "Apple_A" no nome do arquivo:
ls | grep Apple_A > all_apple_a.dat
Crie um arquivo chamado labelled_apples.dat
, que "marca" seus nomes de arquivos:
perl -pe 's/(\d+_Apple)(.*)/=/' all_apple_a.dat > labelled_apples.dat