/etc/sysconfig/yum-autoupdate existe a configuração do autoupdate, você deve ver que ENABLE=True nesse arquivo, e isso significa que ele está habilitado, e deve haver mais configuração que você pode querer dar uma olhada, como se deixe o autoupdate atualizar o kernel automaticamente, veja aqui .
você pode ler quais pacotes foram atualizados no arquivo yum.log
veja aqui detalhes sobre o pacote.
ele deve estar funcionando automaticamente depois de instalado, embora deva ser instalado por padrão com o Scientific 6.