Você pode verificar o que está acontecendo com o hdd usando um pacote chamado smartmontools .
Execute smartctl -A /dev/sda , onde / dev / sda é um disco rígido ruim e verifique se há algo ruim (procure as informações sobre todos os parâmetros na wikipedia).
Se apenas X (GUI) congela, você pode pressionar alt-sysrq-r e, em seguida, ctrl-alt-f1 para alternar para o console e executar dmesg para descobrir quais erros são mostrados lá. Para mais atalhos google magic sysrq key .
E, claro, você pode executar as ferramentas de teste mddd ou victoria hdd e escolher uma opção para remapear setores defeituosos (se houver).
Mas antes de tudo, verifique todos os cabos conectados ao disco rígido e substitua-os, se possível, ou pelo menos reconecte-os (pode não estar totalmente conectado).