Se as bibliotecas instaladas forem específicas para seu aplicativo e puderem entrar em conflito com as bibliotecas do sistema instaladas, recomendamos que você configure uma estrutura como esta:
/opt/<app>/<version>/lib
ou
/opt/<app-libs>/<version>/lib
Dessa forma, você pode implantar à vontade separadamente dos outros e não afetar nada que alguém possa exigir, e você pode forçar seu aplicativo a examinar esses caminhos, se desejar.