Se você não for um membro do grupo atribuído ao diretório, se modificar alguma permissão, perderá o setgid nesse diretório.
Opções
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Você pode alterar seu umask antes de criar o diretório, evitando a necessidade de modificar as permissões no diretório depois de criá-lo. Dessa forma, você não perderá o setuid nesse diretório. (Demonstrado no final desta resposta.)
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Torne-se um membro do grupo (requer
sudo
)$ sudo usermod -a -G www-data webmin
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Altere as permissões usando
sudo
$ chmod g=rxs,o= libraries
Os dois últimos violam as restrições da pergunta, então a resposta é a opção 1.
$ umask 0027
$ mkdir libraries
$ ls -ld libraries
drwxr-s--- 2 webmin www-data 4096 2011-11-03 12:03 libraries