Eu acho que o que está acontecendo é que o vnstat relata o tráfego no nível Ethernet. Cada pacote Ethernet contém alguma sobrecarga para indicar onde, no link Ethernet, o pacote deve ir. Essa sobrecarga tem 42 bytes de comprimento. A carga útil Ethernet geralmente consiste em 16 bytes de cabeçalho IP , 20 bytes de TCP e, finalmente, alguns dados (a carga útil).
Se o tamanho médio da carga útil for N (em bytes), a sobrecarga do TCP sobre IP na Ethernet será N + 78. Eu suspeito que a figura de 100Mb / s do ISP conte o tamanho do pacote IP, que é N + 36. Ver 125Mb / s de Ethernet para 100Mb / s de IP faz sentido se N≈132.