Supondo que o script init do node.js seja executado antes do sshd ou qualquer outro script de acesso externo (caso contrário, você poderia fazer login remotamente, desativar o script e depois reinicializar), o mais fácil é pegar o cartão SD para outro computador e monte-o lá, encontre o script init e mova-o para fora do diretório init. Sim, requer um sistema externo, mas você precisava de um sistema externo para preparar o disco flash, então espero que você ainda tenha um por perto.
Há também um modo de segurança para o Raspbian, mas parece que você não está executando isso. Aqui estão links de fóruns relevantes, caso eles possam ajudar: