Eu posso pensar em maneiras diferentes de fazer o que você quer. Todos os quais carregam um nível de risco e dificuldade. O principal risco é que, se a instalação der errado / quebrar, você acabará com um sistema não inicializável que precisa ser instalado manualmente.
Meu pensamento principal (que depende do seu gerenciador de inicialização e similar) seria usar exatamente o procedimento que você tem agora. Basicamente, copie a nova imagem de instalação para o seu pendrive, que fica permanentemente na máquina. Então apenas reinicie e deixe-o inicializar e instalar normalmente.
Ele conta com o seguinte
- Instalação sem intervenção. Eu estou supondo que você tem que, caso contrário, uma reinstalação durante a noite não seria um problema.
- Seu gerenciador de partida pode escolher entre USB ou sistema de arquivos local inicializar automaticamente (ou por meio de um comando em nível de aplicativo antes de reinicializar)
- No final, você precisa configurar seu gerenciador de inicialização para inicializar a partir da placa local, em vez do dispositivo USB, ou apenas apagar o conteúdo do dispositivo USB / torná-lo não inicializável para que o carregador de inicialização caia
Uma alternativa para isso seria ter duas partições de inicialização / raiz na sua placa e apenas instalar na que você não está usando e, ao final da reinicialização, forçar o seu bootloader a inicializar na outra. Você poderia usar um ambiente chroot para forçar seu instalador a pensar que ele estava inicializando do zero. Essa é provavelmente uma grande mudança em seu ambiente e não seria uma vitória rápida.