O problema era que a árvore de dispositivos não configurava corretamente os pinos RTS e CTS para uso com o UART relevante. A árvore de dispositivos deve conter algo como:
&uart1 {
pinctrl-names = "default";
pinctrl-0 = <&uart1_pins>, <&uart1_rts_cts_pins>;
status = "okay";
};
Onde os pinos foram adequadamente definidos anteriormente.