Usando o GNU readlink
para resolver o link simbólico para o nome do arquivo original:
Primeiro eu imito sua configuração de diretório:
$ mkdir original "symlink dir"
$ touch original/file1 original/file2
$ cd "symlink dir"/
$ ln -s ../original/file1 link1
$ ln -s ../original/file2 link2
$ cd ..
Copie os arquivos:
$ for link in "./symlink dir"/*; do
> orig="$(readlink -f "$link")"
> rm "$link"
> cp -v "$orig" "$link"
> done
‘/home/user/original/file1’ -> ‘./symlink dir/link1’
‘/home/user/original/file2’ -> ‘./symlink dir/link2’