Assumindo que seus scripts perguntas devem sempre ser respondidos com y :
Você pode usar o comando yes :
yes | your-script.sh
Se o seu script executar outro comando, que precisa de y como entrada, você também pode modificar seu script e substituir a linha que contém external-command with yes | external-command
yes - output a string repeatedly until killed
Description Repeatedly output a line with all specified STRING(s), or 'y'.