Antes do comportamento errático, eu tinha configurado uma linha mda ...
no final do meu .fetchmailrc
e, por algum motivo, ainda não sei, isso foi aplicado a todas as minhas contas.
O problema que experimentei foi o fetchmail retornar ao seu comportamento normal - o mda foi definido como a última linha, portanto, foi aplicado somente à última conta no arquivo rc.
Não sei como isso funcionou antes, mas depois de adicionar uma instrução mda a todas as entradas da conta, todas as mensagens são buscadas e encaminhadas corretamente.